Město Zlín má pohnutou historii a první písemná zmínka o tomto městu sahá až do středověku do roku 1322. V této době byl Zlín řemeslnicko-cechovním střediskem. Během třicetileté války povstali obyvatelé Zlína proti vládě Habsburků a v roce 1644 došlo k popravě pěti zlínských měšťanů.
V roce 1779 byla zřízena první manufaktura na bělení prádla, ale v roce 1849 město postihl velký požár. Do konce 19. století byl Zlín menším střediskem a jeho počet obyvatel se pohyboval okolo 5 000. V době prusko-rakouské války byl Zlín obsazen pruskou armádou. Důležitým mezníkem města se stal rok 1894, kdy Tomáš Baťa ve Zlíně založil první továrnu na boty, která se stala dodavatelem obuvi pro rakouskou armádu během 1. světové války.
Tomáš Baťa se stal nejen významným továrníkem, ale v roce 1923 i starostou města. Baťa s týmem architektů přetvořil město v aglomeraci s unikátní architekturou a přilákal do města kolem 40 tisíc nových obyvatel. V roce 1926 se přistoupilo k výstavbě moderního centra a o tři roky později Baťův podpůrný fond zakoupil zlínský zámek a velkostatek. Tomáš Baťa zahynul 12. července 1932 při leteckém neštěstí a do čela firmy nastoupil jeho nevlastní bratr Jan Antonín Baťa.
Od roku 1932 do roku 1939 se uskutečnil další rozvoj města v oblasti školství, kultury a výstavby nových objektů. Ve válečném období postihlo Zlín bombardování a v roce 1945 došlo ke znárodnění Baťových závodů. O rok později bylo zřízeno dnešní Městské divadlo a Filharmonie Bohuslava Martinů. V roce 1949 dostalo město nové jméno Gottwaldov podle prvního komunistického prezidenta.
V šedesátých letech 20. století byl založen festival filmů pro děti. V činnosti byly i nadále zlínské filmové ateliéry, které proslavili tvůrci animovaných filmů Karel Zeman a Hermína Týrlová. K roku 1968 se datuje počátek výstavby rozsáhlého sídliště Jižní Svahy. Baťovy závody i nadále pokračovaly ve výrobě obuvi. V koncernu ve Zlíně pracovalo v 80. letech přes 20 tisíc zaměstnanců, kteří vyrobili přes 20 milionů párů obuvi.
V listopadu 1989 nastala v tehdejším Československu změna politického režimu a v prosinci zavítal na návštěvu do Zlína Tomáš Baťa mladší. V roce 1990 se město přejmenovalo zpět na Zlín a konaly se v něm první demokratické volby do zastupitelstva po roce 1946. Zlín se stal statutárním městem. V roce 1995 cestovatelé Jiří Hanzelka a Miroslav Zikmund darovali zlínskému muzeu svůj unikátní cestovatelský archiv.
V roce 2000 vznikla Univerzita Tomáše Bati ve Zlíně a v roce 2009 bylo město prohlášeno Evropským dědictvím. V roce 2010 byla slavnostně otevřena novostavba Kongresového centra Zlín. I když v 90. letech došlo k rozvoji soukromého podnikání a k zániku menších podniků, i nadále je město významným průmyslově-podnikatelským centrem regionu střední Moravy.